متن خبر:
برآورد ناپارامتری تابع چگالی توأم نمودارهای راماچانداران و کاربرد آن در
مدل‌سازی حلقه‌های پروتئین (Loop Modeling)
سید مرتضی نجیبی
گروه آمار دانشگاه شهید بهشتی
چکیده
اخیرا، مدل‌بندی پروتئین‌ها با استفاده از زوایای دای‌هدرال، مورد توجه بسیاری از محققین در حوزه بیوانفورماتیک قرار گرفته است. اصلی‌ترین چالش‌های این موضوع، یافتن مدل‌های کارآمدی است که بتواند بر اساس پیوستگی زوایای پروتئین، اطلاعات مشترک بین نمودارهای راماچاندارن مرتبط را مدل‌بندی نماید. علی‌رغم وجود روش‌های آماری موجود، همچنان کمبود روش آماری مناسبی که بتواند برای داده‌های حجیم پروتئین استفاده شود، احساس می‌شود. بر اساس فضای غیراقلیدسی زوایای پروتئین و پراکندگی آنها در نمودار راماچاندارن، به نظر می‌رسد روش‌های ناپارامتری بتوانند در مقایسه با روش‌های پارامتری عملکرد بهتری داشته باشند.
در این سخنرانی ضمن معرفی داده‌های پروتئین‌ها و چالش‌های موجود در این حوزه، مدل ناپارامتری جدیدی را به منظور مدل‌بندی توأم نمودارهای راماچانداران یک مجموعه پروتئین بر اساس اسپلاین‌های مثلثاتی ارائه می‌نمایم. روش پیشنهادی فوق خاصیت غیراقلیدسی زوایای پروتئین را بر اساس فرم طبیعی اسپلاین‌های مثلثاتی مدل‌بندی می‌نماید. در مقایسه با مدل‌های پیشین، سرعت و دقت این روش در استفاده از داده‌های حجیم کارآمدتر است. همچنین با تکنیک تابع چگالی توأم، اطلاعات مشترک بین نمودارهای راماچانداران مرتبط به خوبی مدل‌بندی و در یافتن داده‌های پرت و نمودارهای با تعداد مشاهده محدود، استفاده می‌شود. در پایان به منظور بررسی کارایی مدل، تابع‌چگالی‌های برآورد شده را در نرم‌افزار Rosetta پیاده‌سازی و کیفیت مدل‌بندی حلقه‌های پروتئین‌ها با مدل‌های پیشین و مدل جدید مورد بررسی قرار می‌گیرد.
زمان برگزاري: 3 آبان ماه 1393 ، ساعت 15-13
مكان برگزاري: تالار دانشكده علوم رياضي
گروه خبری: همایش ها
تاریخ ثبت خبر: 1393/07/26
تاریخ انقضای خبر: 1393/08/04
ویژه: خیر
منبع: دانشکده علوم ریاضی
تعداد مشاهده: 1,087